1、主角不同：《魔法禁书目录》的主角是上条当麻；而《某科学的超电磁炮》的主角是御坂美琴

2、主次关系不同：《某科学的超电磁炮》是《魔法禁书目录》的外传，也就是说《某科学的超电磁炮》的背景是在《魔法禁书目录》之下。

3、主要背景不同：《某科学的超电磁炮》从名字就可以看出来，主要的是学园都市的“科学背景”；而《魔法禁书目录》主要讲的是“科学”与“魔法”的碰撞。