很多人认为，秦琼没有参加李世民发起的“玄武门之变”，因而，秦琼后来的官职不如尉迟恭等人。

事实上，秦琼是“玄武门之变”的功臣之一。玄武门之变的发生，是因为太子李建成建议李渊，将李世民帐下的主要将领秦琼，尉迟恭，程知节等掉到李元吉手下去出征。

李世民感到是在削弱自己，随即要发起事变，尉迟恭，程知节，秦琼，徐茂公等都明确支持。秦琼更是参加了事变，并且帮助李世民清楚了李建成，李元吉余部。

在事变过程中，秦琼只是没有像尉迟恭那样冲进了李渊的寝宫，逼迫李渊而已。

626年8月，李世民登基，任命秦琼为左武卫大将军，封邑七百户。之后秦琼因常年征战，旧伤复发，就很少参加战争。

638年，秦琼因病去世。五年后，秦琼的画像出现在表彰大功臣的凌云阁里，成为唐朝开国二十四功臣之一。后来成为民间传颂的门神。