为深入剧中角色，贾延鹏在休息时间通过上网了解相关的军事知识。为了保证拍摄安全顺利进行，演员们在拍摄之前一周就深入到部队体验生活，学习各种装备的操作技巧。该剧拍摄中运用大量真枪实弹，演员们需要在枪林弹雨中跑炸弹说台词。

2007年，《绝密543》的剧本创意得到外交部和国台办的批准，此后，空军政治工作部电视艺术中心又花费十年的时间实地采访、精心打磨。2014年9月，该剧顺利杀青。 该剧三个多月的拍摄时间里辗转多地取景。在制作上为了更真实地展现空军地空导弹部队的训练和战斗场景，空军部队出动上千导弹车次和上万人次配合拍摄，力求最大程度地还原壮阔宏大的战斗场面。不仅收获较好的收视率，而且得到良好的反馈。