一个烧瓶里有一团有大智慧的黑雾，教导还是奴隶的爱德华父亲炼金术。爱德华父亲名气大了，受到国王邀请，为国王达到永生。

在寻找身体的旅途中发现了罪恶产物贤者之石。瓶中小人想再次发动国土炼成，想与神正面对话寻找真理。军队与爱德华了解阴谋开始与瓶中小人战斗。

最终在斯卡天才哥哥留下的手稿中找到了反转术式，在国土炼成发动时成功阻止。打败瓶中小人。爱德华以自己炼金术才能换回弟弟身体。瓶中小人被神囚禁。

爱德华父亲在最终决战中能力全部释放，死在了最爱的妻子墓前。爱德华自己向青梅竹马表白。弟弟阿尔去东国找张梅。