口袋妖怪金心银魂三周目有三个场景需要进行通关，分别是：

1、三圣鸟；

2、雪拉比时空穿越事件；

3、水都兄妹。

三圣鸟：

此剧情需要击败小智后触发三圣鸟均为50级。

1、闪电鸟：

闪电鸟会被抢占发电站的工作人员赶出了家门，只好站在发电站门口。

2、冰冻鸟：

冰冻鸟还宅在双子岛，从右下入口处进去比较快。

3、火焰鸟：

火焰鸟从冠军路搬家到白银山去住了，稍微难找一点。

雪拉比时空穿越事件：

此剧情需携带日后老任配信版雪拉比后触发（疑似10年剧场）；

把雪拉比带到森林里的神社，然后配角就会来搭讪。不久会雪拉比就带你们穿越时空，来到3年前的22号道路。从对话中可获悉红毛和坂木是父子关系，坂木要红毛帮助复兴火箭队，红毛不肯，然后2人分道扬镳。

之后又穿越到3年之后（时间断应该在主角灭掉广播塔火箭队基地前）的某个山洞（27号道路隐藏在瀑布后的那个，内部有一台收音机），发现坂木正在和占领广播塔的火箭队联系，然后上前，开战。坂木所携带的是LV42尼多王、LV43绅士乌鸦、LV46尼多后、LV40袋龙，都不强，带一个LV40多的水系或草系即可轻松灭之，战胜后坂木回忆起了3年前某个阻挠他计划的小子（白金山顶吹雪的某人），说主角和他眼神很像，随后消失之。然后雪拉比又将男女主角传送回了森林。

水都兄妹：

此剧情需要在关东地区触发；

剧情进行到给山吹市的小妹妹找车票时，从最喜欢口袋妖怪俱乐部要了娃娃出门时会遇到方缘地区的冠军大吾，他会给主角看水都的照片，金心为红水都，银魂为蓝水都，并告诉主角水都目前正出没在关东地区。这之后水都就在关东地区随地乱跑了，50级，见面就跑。