故事发生于19世纪上半叶密西西比河畔的一个普通小镇上。汤姆·索亚是个调皮的孩子，他和同父异母的弟弟一起接受姨妈波莉的监护。他总是能想出各种各样的恶作剧，让波莉姨妈无可奈何，而他也总能想尽办法来躲避惩罚。

一天，汤姆见到了可爱的姑娘贝基·撒切尔，她是撒切尔法官的女儿。汤姆一见到她就对她展开了攻势。而他的爱似乎也得到了回应。镇上有一个孩子叫哈克贝利·费恩。他的父亲总是酗酒，父母一直打架，因此他跑出来自己生活。他看起来和文明社会格格不入，大人们都不喜欢他，可汤姆和他却是好朋友。

有一天他们约好晚上一起去墓地，却看到了意想不到的一幕。他们看到鲁滨逊医生、恶棍印第安·乔和喝得醉醺醺的莫夫·波特。在他们混乱的厮打中，印第安·乔把医生杀死了，然后又嫁祸于被打昏的波特身上。汤姆和哈克被吓坏了，立了血誓决不泄密。波特被捕以后，汤姆十分内疚，经常去看望他。此时的汤姆事事不顺，贝基生了他的气，不再理睬他，波莉姨妈也总是呵斥他，他觉得没有人关心他。

于是，汤姆、哈克和村上的另一个孩子一起乘小船去了一个海岛。可没过多久，他们便发现村里的儿门以为他们淹死了，正在搜寻他们的尸体。汤姆晚上悄悄回到了姨妈家，发现波莉姨妈正在为他的’死”悲痛欲绝。汤姆觉得十分惭愧。最终，他们三个人在村民们为他们举行葬礼的时候回来了。

夏天来临，汤姆便感到更加不安，因为法官将对波特的罪行作出判决。汤姆终于战胜了恐惧与自私，指出了印第安·乔就是杀人凶手。可凶手还是逃走了。后来，汤姆又想出了一个主意：寻找宝藏。汤姆和哈克偶然发现了印第安·乔和他的一大笔不义之财，但他们却不知道他把钱藏在哪里了。

在贝基和同学们外出野餐时，哈克得知印第安·乔要去加害道格拉斯寡妇，因为她的丈夫曾经送他进过监狱。幸亏哈克及时报信才避免了一场悲剧的发生，可印第安·乔再一次逃之夭夭。此时，汤姆和贝基在野餐时走进了一个山洞，因为洞太深而找不到回来的路，被困在里面。

他们在山洞里再一次遇见了印第安·乔。村民费尽周折救出汤姆和贝基之后封死了山洞。后来汤姆告知村民印第安·乔还在里面。当他们找到他时，他已经死在山洞里了。恶人得到了应有的报应。汤姆和哈克再次回到山洞里，找到了那笔宝藏。