世界上大多数共和制国家基本上都是有总理和总统的（也有例外，美国就没有总理），而且所有国家的总统都是本国元首，行政级别是高于总理的。
但是在施行议会共和制的国家中，总理的实际权力大于总统的，例如新加坡、以色列、意大利、印度、德国。在这些国家中，总统仅是虚位元首，没有实权，政府大权都握在总理手中。
巴基斯坦在刚刚独立的时候，施行的也是议会制，总理是权力是更大的。
但是在1958年—1972年、1977年—1985年、1999年—2002年这三个时期，总统的权力则大于的总理，并且这三个时期都是军人当政。
自从独立之后，巴基斯坦的文官政府和军人就一直斗争不断。由于在建国初期与印度之间关系紧张，国家对军方依赖比较大，因此军方更为强势。
1958年，巴基斯坦陆军司令阿尤布发动军事政变，自任为总统，巴基斯坦总统首次压制总理。（巴基斯坦第二位军人总统——叶海亚）
但是就在仅仅五年之后，1977年前陆军总参谋长齐亚·哈克再度发动军事政变，施行军法管制，部分暂停实行宪法，将大权收归总统，开启了第二次军政府时代，总统权力又一次压倒总理。
1985年在齐亚·哈克准备还政与文官政府，但是在他的推动下，巴基斯坦通过了宪法第8修正案，授予总统解散国民议会和联邦内阁、任免军队首脑和法官的权力，巴基斯坦成为半总统半议会制国家。
1988年齐亚·哈克因为空难逝世，文官政府彻底接管权力，总理重新成为巴基斯坦的政治中心。（穆沙拉夫，他是巴基斯坦第四位军人总统）
在穆沙拉夫执政期间，他颁布了宪法第17修正案，重新扩大了总统权力，总统再度成为巴基斯坦的最高实权掌握者。
虽然穆沙拉夫的夺权颇受西方的非议，但是在他上台后，他进一步加强与美国合作，支持小布什政府的反恐战争，为美军攻打阿富汗提供军事基地和后期保障，因此获得了美国的大量援助。而在此期间，巴基斯坦也成为美国“非北约主要盟国”。同时，穆沙拉夫也继续保持与中国的友好传统，中巴两国在军事上的合作不断深入。此时的巴基斯坦同时获得两个大国的支持。
穆沙拉夫的执政一直持续到2008年，最后迫于国内压力辞去总统职务，并于次年出国“自我流放”，此后他一直住在伦敦和迪拜。随后总理吉拉尼上台，成为巴基斯坦的新掌舵人。
2010年4月，巴基斯坦议会通过总理吉拉尼推动的宪法第18修正案，废除了穆沙拉夫颁布的宪法第17修正案，取消总统解散议会的特权，同时宣布解除总理不能担任三届的禁令，总统的诸多权力将被转移至总理和议会。
同年12月22日，巴基斯坦议会又一致通过宪法第19修正案，赋予总理任命高等法院和最高法院法官一定的决定权，并由总统对决定结果进行最终认可。
到2012年2月20日，巴议会通过宪法第20修正案，取消了由总统任命看守政府总理的权力，改由总理和反对党领导人协商确定。至此，巴国总理又回到了权力的巅峰。
穆沙拉夫在下台后前往英国避难，2010年他在英国组建新政党“全巴基斯坦穆斯林联盟”，仍旧希望返回巴基斯坦政坛。
2013年3月，穆沙拉夫在得到不会被逮捕的承诺后返回巴基斯坦。但是就在他回国之后，他立即被安全部门带走。随后巴基斯坦检方对他发起了谋杀、叛国等多项指控。
2016年3月16日，因穆沙拉夫身体原因请求保外就医，巴基斯坦最高法院同意穆沙拉夫的出国就医申请，撤除对他的出国限制。两天之后，穆沙拉夫乘飞机前往阿联酋迪拜就医。