开拓神秘岛是经营养成类游戏，游戏无固定剧情，所以没有通关一说，经营对象是一座海岛，玩家可以通过种植作物、建设住宅和研究所等活动对海岛进行开发。 游戏的一大特色是可以捕获和培养海岛上各种神奇的怪兽，玩家可以利用这些怪兽进行战斗来拓展自己的疆土。

如果看够了自己的怪兽，还可以利用游戏中所获得的神秘咒文来跟朋友进行交换。

不同的怪兽将拥有风、雷、土、水等不同的属性，可根据其属性相克来合理的安排战斗。