子：秦怀道（625年－684年2月21日），字理，秦琼死时秦怀道14岁。

子：秦？道（墓志铭阙字），右卫左郎将，娶尉迟宝琳女。

孙：秦景倩，越州山阴县令。

孙：秦佾（？－698年），潞州司法参军。

孙：秦利见，许州鄢陵县丞。

1995年山东济南考古人员发现秦爱墓志铭，终于揭开秦叔宝家族之谜。秦琼曾祖父秦孝达、祖父秦方太、父亲秦爱字季养，三代人都做过北朝时期的文官。

秦怀道墓志铭没有记载其父名讳，又刻于开元六年（718年），距其去世时间相隔34年；另外秦怀道之子秦佾墓志铭中又记载秦佾“祖叔宝，佐命功臣、左武卫大将军、上柱国、翼国公。父怀道，太宗文皇帝左千牛。秩满，迁绵州司士参军。又迁常州义兴县令，袭爵历城县开国公。”

综上可知秦怀道墓志铭应是误将其祖、父写成曾祖、祖，秦怀道应是秦琼晚年幼子。