有两个结局：1人类补完计划。2真嗣夸过内心屏障

联合国属下的秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。

2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。

2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻。NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波零等人。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行他自己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE讹称NERV企图引发第三次冲击，挑动国联派出军队抹杀NERV，在国联部队占领了NERV后，SEELE发动了人类补完计划。

这部动画片还有另一个结局，被称为是电视版的结局，主要描写一班主角（特别是真嗣）的内心反省。电视版的结局相当清晰：真嗣最终跨越了内心的障碍。不过“补完”最终有没有发生仍然没有讲明。到现时为止，关于《TheEndofEvangelion》（简称《TEOE》）是不是便是电视版25、26集的补充或者替代，以及《TEOE》的真实含义，仍然还许多的争论。